La villa de Ampuero sufrió también las causas inquisitoriales sin que conozcamos la existencia de casos de brujería y hechicería en este lugar.
En la visita de residencia que el Corregidor de las Cuatro Villas y Juez Ordinario de la villa de Laredo hacía en Ampuero en 1.578 se planteaba el castigo de los «pecados públicos y otras cosas en ofensa de Dios Nuestro Señor, y daño de los dichos lugares como son hechiceros, brujos, amancebados, blasfemos, logreros y usureros, tablafes y jugadores de juegos prohibidos». Es pues una interrogación a los testigos sobre diversas causas y entre ellas las de brujería y hechicería.
La prohibición del juego en Ampuero se especificaba en el mandato general de que «ninguno que tuviera tabernas que invitaran al juego de naipes ni de día ni de noche, so pena de 3.000 maravedís».
En la visita de 1.578 el Corregidor manifestaba que había gran desorden en la villa «de jugar en las casas donde hay tabernas, siendo en tanto desorden y cantidad que se están los días y las noches muchas personas jugando vino en cantidad demasiada y jugando los que tienen oficios y viven por sus trabajos».
Precisamente de Ampuero era un famoso y extraño personaje nacido en 1.583 llamado Juan de la Espina. Espina era un caballero habitante del Palacio de la Bárcena en el barrio de su nombre, dueño de la nao «Nuestra Señora de la Concepción», dedicada al transporte de lana de Castilla a Flandes.
De él descendió don Juan de la Espina, personaje del que se ocupó don Francisco de Quevedo, quien dijo de él que era «de muy conocida calidad y solar de aquella cuna de hidalguía de España».
Fue un científico y musicólogo notable que pretendía haber descubierto una verdadera ciencia musical. Protegido por el Cardenal Niño de Guevara, almacenó singulares riquezas, objetos y libros de gran valor y en su casa se conservan incluso dos libros dibujados y manuscritos de Leonardo da Vinci, según informa Vicencio Carduccio. Pero la fama de este personaje principalmente se debió a la condición de hombre misterioso, temido y admirado y muy conocido por sus artes de hechicería, y se hizo de él un personaje de diálogos y comedias como las de José de Cañizares, el famoso dramaturgo español de fines del siglo XVII y principios del XVIII que escribió sobre este personaje dos obras: «Don Juan de Espina en su patria» y «Don Juan de Espina en Milán».